در قسمت جنوب مسجد، دیواری وجود دارد که بر روی آن علامت یک سرو به صورت کاشی کاری آبی دیده می شود. این دیوار با نام ندبه شناخته می شود و البته روایت محلی جالبی در مورد آن وجود دارد. می گویند بُراق در هنگام عروج پیامبر از این محل حرکت کرده است. بُراق در سنت اسلامی، نام یک مرکب آسمانی است که محمد (ص) در سفر شبانه اش، معراج، مسیر بین مسجدالحرام در مکه تا مسجدالاقصی را با آن طی کرد.

یکی از جالب توجه ترین بخش های مسجد عتیق که به نوعی شاخصه این مسجد به شمار می رود، خدایخانه است که با نام های دارالمصحف، کعبه ثانی، بیت المقدس یا دروازه زمان نیز شناخته می شود. این عمارت درست در وسط حیاط مسجد و حدود یک متر بالاتر از سطح آن قرار دارد و از سنگ و گچ ساخته شده است. می توان دو بخش برای ساختمان خدایخانه در نظر گرفت؛ یکی ایوان‌های آن که ۱۲ متر طول و ۱۰ متر عرض دارند و دیگری اتاقی که در وسط آن قرار گرفته و دارای ۸ متر طول و ۶ متر عرض است.

سقف ایوان های شرقی و غربی به وسیله چهار ستون سرپا مانده است و سر ستون ها به شکل مقرنس کاری، حجاری شده اند. قطعه سنگی به شکل محراب بر بالای هر یک از این ستون ها دیده می شوند که خطوط اسلیمی و گل و بته بر روی آن نقش بسته است. سقف ایوان های شمالی و جنوبی خدایخانه نیز توسط دو ستون مدور نگهداری می شوند.

معماری این بنا شبیه به خانه کعبه است؛ اما ایوانی به عرض 2 متر در اطراف آن ساخته شده است تا اتاق از تابش مستقیم نور آفتاب و بارش باران در امان بماند.

صحن مسجد 1672 متر مربع وسعت دارد و مفروش با سنگ های مرمر بوده است. در دالان های ورودی مسجد چندین سنگاب تعبیه کرده بودند. سنگاب ظرف سنگی بزرگی است که در گذشته آن را پر از آب می کردند تا برای وضوگرفتن یا آشامیدن از آن استفاده کنند. سنگاب های مسجد عتیق همیشه پرآب بودند تا اشخاص موقع ورود به مسجد، پای خود را شسته و وضو بگیرند. یکی از این سنگاب ها در جلوی پلکان ورودی موزه پارس نصب شده است. سنگابی با قطر داخلی نزدیک به یک متر که به شکل دوازده ضلعی است و در اطراف آن نقش و نگار و گرداگرد آن آیات قرآنی و اسلامی به چشم می خورد. البته خطوط و نقوش این سنگاب به دلیل فرسایش با آب خیلی مشخص نیستند. امروزه سه نمونه از این سنگاب ها در ابتدای صحن دیده می شوند که آنها نیز به صورت دوازده ضلعی هستند.

 

در ضلع شمالی مسجد عتیق شیراز دو در دیده می شود که یکی در شمال شرق و دیگری در شمال بنا قرار دارد و یک ایوان و شبستان نیز در این قسمت ساخته شده است.

در شمالی مسجد به در دوازده امام شهرت دارد و سردر مقرنس کاری شده ای دارد. چهار کتیبه کاشی در جرزهای دو طرف این سردر دیده می شود که نام دوازده امام بر روی آنها نقش بسته است. کتیبه‌ای بر بالای این در توجه را به خود جلب می کند که در دوره صفوی و به خط علاءالدین جوهری نوشته شده است و مرمت مسجد در سال ۱۰۳۱ هجری قمری را نشان می دهد. 

 

در میان ضلع شمالی، طاق نمای بلندی قرار دارد که آن را طاق مروارید می نامند. سقف این طاق نما مزین به مقرنس است و دو گلدسته بلند و زیبا بر فراز آن دیده می شوند. در حاشیه بالای داخلی این طاق، سوره هل اتی با خط نسخ بر روی کاشی نقش بسته است و در انتهای آن پلکانی وجود دارد که دسترسی به پشت بام و گلدسته ها را میسر می کند. در قسمت غربی این طاق نما، دالان درِ شمالی (در دوازده امام) و پنج طاق نمای دیگر قرار دارد.

در سال 1347 خورشیدی پشت این طاق نماها شبستانی کم عرض ساخته شد که امروزه به عنوان دفتر مسجد از آن استفاده می کنند. در شرق طاق مروارید شبستانی بزرگ به چشم می خورد که دارای پنج در آهنی مشبک و محرابی سنگی است. شبستانی با طول 30 متر و عرض 17 متر که ازاره هایی یک و نیم متری با سنگ مرمر دارد. قسمتی از این شبستان دو طبقه است و عرض آن به 5.5 متر می رسد. ستون ها و دیوار این شبستان مزین به هنر کاشی کاری هستند و بر روی کاشی ها، آیات قرآنی، احادیث و تصاویر گل و بته و خطوط اسلیمی دیده می شود. 

ورودی حرم آستان شاهچراغ در ضلع غربی مسجد عتیق قرار گرفته است و رواق هایی با 10 دهانه دارد. درِ ورودی به شبستان ضلع جنوبی نیز در این بخش دیده می شود که سردر آن مزین به یزدی بندی است و تزیینات مقرنس کاری و کاشی کاری و معرق کاری نیز دارد. این در یکی از درهای مهم مسجد به شمار می رود و بر فراز آن یک کتیبه کاشی قرار دارد که آیات قرآنی با قلم درشت و به خط ثلث عالی بر روی آن نگاشته شده اند. در این کتیبه تاریخ 1027 هجری قمری به چشم می خورد. در نزدیکی این کتیبه، کتیبه ای دیگر دیده می شود که تاریخ 1026 ه.ق. بر آن قید شده است که تاریخ مرمت بنا در زمان حکومت شاه عباس کبیر را بیان می کند.

در ضلع غربی ده طاق نما قرار دارد که پشت آنها نیز شبستان کوچکی واقع شده است. در یکی از این طاق نماها دالان در ورودی قرار دارد.